藥學系創立於民國四十六年八月一日，為國內歷史最悠久的私立醫學大學藥學系，迄今已逾六十五年，本系師資陣容堅強、研究設備精進、課程規劃完善，數十年來已培育許多藥師及藥學專業人才，畢業校友有高級研究人才 (如:中研院院士、大專校院教授、研發機構研究人員)、跨國藥廠總裁，知名醫院高階主管、政府高階官員、藥業經營管理等表現相當優秀，迄今已培育近八千名畢業生服務社會，校友敬業樂群、熱心公益，頗受社會好評，校友們於各領域戮力貢獻且表現傑出，大家皆以高醫人為榮。

本系為使藥學領域的研究發展更博大精深，於民國七十一年成立藥學研究所碩士班，民國七十七年增設博士班，對各藥學領域皆有傑出之研究表現，包括開發藥物、毒物、基因及蛋白質等分析技術、天然藥物活性成分之分離純化、藥物新劑型研發、藥物化學、新藥合成、毒理學、調劑學、臨床藥學等，學術研究風氣鼎盛。

本系教師關心學生、熱衷教學，屢獲教育部卓越教學肯定，且師生互動佳，亦對社會服務不遺餘力，師生定期組團至各級學校及社區宣導用藥知識及衛生教育。本系研究水平高，敎師皆積極從事藥學領域之研究，每年均獲得國科會、衛生署、經濟部及其它單位研究經費補助逾數千萬元，優質期刊論文表現極佳，近三年來發表在國內外著名學術期刊論文約二百餘篇，研究成果優異且對藥學領域貢獻甚鉅。

由於社會人口高齡化、醫藥分業及全民健保之實施，藥師於健康照護所扮演之角色更甚以往，因此學士班所修學科亦與時俱進，除藥物科學及研發等課程外，本系益加強藥物治療學、臨床藥學、專業臨床技能、藥局實習及藥廠實務實習等，目標為加強藥事執業能力，以達藥師於臨床藥事照顧之功能。本系課程安排兼重理論、實驗與實習的配合，並就當前社會的需求，充份提供學生良好的學習環境。